Majdnem minden egyházmegyében működik egyházi bíróság. Ezek első fokon járnak el a krisztushívők ügyeiben. Az eljárás a keresetlevél beterjesztésével indult, melyet befogadása esetén a bizonyítási eljárás követ. Ennek során meghallgatásra kerülnek a felek, a tanúik és az érintettek beterjeszthetik az ügyre vonatkozó okirati bizonyítékaikat is.

A bizonyítékok megismerését követően a felek és ügyvédjeik előadhatják az összefoglaló jogi véleményüket, melyet a bíróság ítélethozatala követ. Az elsőfokú ítélet a bíróság leterheltségétől függően a kereset előterjesztését követő 1-2 éven belül születik meg. Kedvezőtlen ítélet esetén lehetőség van fellebbezni a másodfokú bírósághoz, vagy egyenesen az Apostoli Rota Romana Bírósághoz.

Az egyházi peres eljárás írásban folyik, a felek személyes jelenlétére csak a meghallgatásuk alkalmával van szükség.